Là phần quan trọng nhất của cải cách, đơn xin thị thực Schengen sẽ thay đổi "từ nhãn dán và đơn xin thị thực vật lý sang hệ thống kỹ thuật số", Nghị viện châu Âu cho biết.

Thay vì nộp đơn cho các cơ quan có thẩm quyền của các quốc gia khác nhau, EU sẽ tạo ra nền tảng kỹ thuật số duy nhất, nơi khách du lịch có thể tải tài liệu của họ lên, trả phí đăng ký và theo dõi quá trình xử lý hồ sơ. Hệ thống sẽ tự động xác định quốc gia EU nào chịu trách nhiệm cấp thị thực.

Chỉ những người nộp đơn lần đầu tiên, có hồ sơ du lịch mới hoặc dữ liệu sinh trắc học hết hạn trong hồ sơ của họ mới phải bắt buộc tới lãnh sự quán của một quốc gia thành viên EU.

EU sẽ cấp thị thực ở định dạng kỹ thuật số của mã vạch 2D được ký bằng mật mã, thay vì nhãn dán truyền thống sau cải cách để giảm nguy cơ làm giả hoặc trộm cắp.

Hiện tại, du khách được cấp thị thực sẽ được dán nhãn dán Schengen trong hộ chiếu của họ. Tuy nhiên, việc EU thiết lập cơ sở dữ liệu giúp giám sát các mục nhập và xuất cảnh, quá hạn và kiểm tra an ninh ở biên giới bên ngoài của khối đã dần dần "số hóa" hệ thống quản lý thị thực.

Khối Schengen bao gồm hầu như tất cả các quốc gia thành viên của EU, ngoại trừ Cộng hòa Cyprus, Ireland, Bulgaria và Romania. Tuy đã hoàn tất quá trình đánh giá gia nhập Schengen vào năm 2011, song Hội đồng châu Âu vẫn chưa thông qua quyết định phê chuẩn việc gia nhập của Bulgaria và Romania. Ngoài ra, EU cũng cho phép công dân từ 60 quốc gia khác có thể nhập cảnh vào khối mà không cần phải xin thị thực.